Matrimonios e Hijos

Su esposa fue Victoria Eugenia Henao Vallejo, La Tata, con quien se casó cuando ésta tenía quince años en 1976. De dicha unión nacieron sus dos únicos hijos: Juan Pablo Escobar Henao el 24 de febrero de 1977 y Manuela Escobar Henao el 24 de mayo de 1984. Gloria Gaviria Flores, quien fue su prima consentida, fue la madrina de la boda junto con Carlos Fersch, el mejor amigo del Cartel del Sur. Ella manifiesta que: "Pablo mucho antes de morir me decía que quería que su hijo y el mío deberían ser los dueños del imperio, puesto que él no quería que su imperio acabara". Gloria en la actualidad vive en Bogotá y paga casa por cárcel, la patria potestad de su hijo menor la tiene su abuela, lo último que se supo del joven es que vive en Antioquia, Colombia junto a su abuela. Los hijos del capo, Juan Pablo y Manuela Escobar Henao, después de la muerte de Escobar salieron del país, pero fueron devueltos en cuanto pisaron Estados Unidos, corriendo con la misma suerte en Alemania. Finalmente se instalaron en Buenos Aires, donde tuvieron varios problemas legales que después lograron resolver. Por razones de seguridad, y para alejar el estigma de tener el apellido de Escobar, sus nombres y apellidos fueron cambiados por las autoridades colombianas antes de que salieran de ese país. Así, Victoria pasó a llamarse María Isabel Santos Caballero, Juan Pablo es ahora Juan Sebastián Marroquín Santos y Manuela se llama Juana Manuela Marroquín Santos, identidades que fueron recientemente reveladas por su propia voluntad.
El 11 de diciembre de 2009, su hijo Juan Pablo presentó el documental biográfico Pecados de mi padre, en el que pide perdón a las familias víctimas de la violencia del narcotráfico.El 8 de noviembre de 2006, un día después de la muerte de su madre Hermilda, el cadáver de Escobar fue exhumado por orden de Nicolás Escobar, sobrino de Pablo e hijo de Roberto Escobar Gaviria, alias El Osito. Sebastián Marroquín acusó a su primo de haber vendido las imágenes de la exhumación a la televisión (éstas fueron transmitidas en directo ) y de lucrarse con la memoria del capo. La disputa familiar se hizo más profunda tras conocerse que Nicolás se quedó con tres dientes y un pedazo del bigote que aún quedaba en la osamenta, aunque él alega que las conservó para realizar pruebas de ADN que resolverían los reclamos de paternidad de dos supuestos hijos del narcotraficante